◇ GS FLX系统
DNA经物理方法片段化，emulsion PCR扩增DNA片段，每种片段大约增幅至100万个，使用pyrosequence的方法可以对各个片段进行约300~400个碱基的序列解析。作为新一代测序仪中单个测序反应可测序列最长的机型，可以对未知的基因组序列进行解析，同时也适用于metagenome、cDNA、small RNA等的解析。

◇ SOLID系统
DNA经物理方法片段化，emulsion PCR扩增DNA片段，一次性可以解析数亿个以上的DNA片段的50个碱基。一次性可以得到最大约20 Gb的碱基序列。可进行Re-sequence序列解析从而获得大量高精密序列解析结果。尤其适用于基因组突变体的解析。配合GS FLX系统可以进行高精度的全基因组序列的解析或根据客户的要求编制各种应用程序。

◇ GA II系统
DNA经物理方法片段化后结合在Flow-cell板上，通过延伸反应所发生的4色荧光可以一次性对75个碱基的序列进行解析。一次性可以得到最大约12 Gb的碱基序列。适用于基因组测序、ChIP解析、small RNA和cDNA网罗性解析等工作。