O-9.FH11

合成的RNA应如何保存?

1. 干燥制品如能存放于-80℃是最理想的，如不能请于-20℃保存，可保存一年以上。

2. RNA制品要用RNase-free的TE或水溶解。

3. 溶液状态的RNA最好保存在-80℃，如无条件，请保存于-20℃。

合成的荧光标记探针应如何保存?

1. 荧光探针必须避光保存。

2. 干品可于-80℃保存一年以上,如无条件，请于-20℃保存。

3. 强烈建议用RNase-free的TE (pH8.0) buffer溶解探针，这样得到的探针溶液更稳定，

保存时间更长。通常，将探针配制成100 pmol/ml的储备液，分装成几份（每份最多反复冻融5次)，于-20℃保存。使用前，将配制好的储备液稀释成工作液（10 pmol/ml或20 pmol/ml)，剩余部分于-20℃保存。

制品溶解后发现有少许沉淀，会影响实验结果吗?

所有的制品纯化后都要进行脱盐，脱盐是使用C18柱进行的，偶而会有微量的树脂溢出而进入制品。树脂不影响任何反应结果，请稍许离心后取上清使用。

测定了制品的OD值后发现OD260/OD280〈1.8，制品质量（纯度）合格吗?

由于核酸在260nm附近有强吸收，而蛋白质在280nm附近有强吸收，从生物体内提取核酸时，常用OD260/OD280比值来评价核酸纯度(比值在1.8～2.0之间)，这一判断是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同时的结果。而合成的DNA/RNA则不同，

序列很短 (通常在20～30个碱基之间)，其中A、G、C、T各种碱基所占比例很不相同，由于各种碱基的摩尔消光系数不同（参见T-21 页)，因此不同碱基构成的合成DNA/RNA制品的OD260/OD280比值也不同，例如当序列中C、T碱基的含量高时，该比值会大大低于1.8。

此外，序列中碱基的排列顺序也影响该比值。所以不能根据OD260/OD280比值来评价合成DNA/RNA制品的纯度。

能否根据电泳带的亮度对合成的DNA/RNA制品进行定量?

不能。因为EtBr是通过嵌入到核酸的双螺旋间而使其着色的。合成的DNA/RNA分子为单链，只有通过自身回折形成局部发夹环结构或链间形成部分双螺旋结构，才能被EtBr染色。由于不同制品的序列不同，形成双螺旋的能力不同，因此染色能力不尽相同，也就不能根据EtBr染色带的亮度来对合成的DNA/RNA进行定量。

使用3%的Agarose凝胶电泳合成Oligo DNA制品，发现有很多条泳带，为什么?

Oligo DNA的电泳一定要使用变性PAGE电泳。Oligo DNA是单链DNA，容易形成复杂的立体结构，因此进行Agarose电泳时，容易出现多条泳带（更无法用Agarose电泳进行定量了)。

进行PAGE电泳时，长度完全一样的Oligo DNA为什么泳带不在同一位置?

1. A、G、C、T的组份不同，电泳速度不同；

2. DNA的立体结构不同，电泳速度不同。

这种情况在Oligo DNA越短时越容易发生，长链Oligo DNA之间差别较小。