2． siRNA Design Support System的概要说明

本设计程序按照以下顺序设计选择候补序列。

（1）自动检索候补序列

1. 从靶基因的序列中自动检索符合用户指定参数的长度为23个碱基的候补序列。
2. 根据各候补序列的GC含量、在靶基因上的位置、两端的序列情况等因素，确定每个序列的Score（优良情况）。
3. 候补序列总数超过300条时，按Score的高低顺序选择前300条序列用于下一步的BLAST同源性检索。

（2）由BLAST选择特异性序列

1. 对各候补序列的第3个至第21个碱基的19个碱基序列，由BLAST系统对目标生物种的遗传基因的Database进行同源检索。
2. 遗传基因的Database使用了NCBI Unigene的代表序列（如：hs.seq.uniq.）。
3. 选择与其它基因的同源性在15个碱基以下的序列作为候补序列。

（3）显示设计结果

1. 各siRNA的候补序列与靶基因的位置关系用图谱的形式进行表示。
2. 靶基因的特异性siRNA的候补序列将根据各候补序列的Score（优良情况）按颜色进行区分表示，可以显示各候补序列的详细情况及其相关信息等，同时也可以查阅各候补序列的BLAST结果。
3. 如果靶基因是登录在NCBI Refseq上的来源于人的基因，并且其Transcript variant信息、SNP信息也登录在同一网站上时，这些信息也将和靶基因的信息一起显示在图谱上。

（4）负对照的设计

1. 只需点击一下Make Nega项的【Make】，就能自动显示对应的siRNA候补序列的负对照序列。
2. 这是通过随机的方法选择的比较合理的负对照序列（其碱基组成与相对应的siRNA相同，但序列不同），并且通过BLAST检索确认了其作为负对照的特异性。